Kemasukan Jepun di Tanah Melayu memberikan banyak kesan negatif. Antaranta ialah dari segi pentadbiran Jepun di Tanah Melayu telah mengubah keadaan sosial , ekonomi , dan politik Tanah Melayu sebelum perang dengan begitu radikal.

Kesan dari segi sosial iaitu permusuhan antara kaum.Ketika Jepun di Tanah Melayu , penduduk Tanah Melayu khususnya orang cina telah ditindas oleh Jepun. Ramai orang Melayu dan India menjadi buruh paksa khususnya unutk membina Jalan Keretapi Maut antara Negeri Thai dan Burma. Oleh itu orang Cina lari ke pinggir hutan akibat daripada tekanan tentera Jepun telah membuka kawasan-kawasan baru yang dikatakan sebagai permulaan masalah setinggan di Tanah Melayu. Mereka juga bertembung dengan orang-orang melayu yang tinggal di kampung-kampung tradisi dan ini mengakibatkan pertembungan budaya yang berlainan latar belakang. Permusuhan juga berlaku antara orang-orang Melayu dan orang-orang Cina. Hal ini adalah akibat daripada layanan orang Jepun yang amat baik terhadap orang Melayu berbanding dengan layanan terhadap orang -orang Cina. Misalnya dengan mengambil mereka menjadi tentera , polis dan menggalakan orang Melayu bergiat dalam politik. Hal ini telah menimbulkan kemarahan orang-orang Cina terhadap orang Melayu.

Kesan negatif yang seterusnya ialah dari ekonomi. Pada masa pemerintahan Jepun , kegiatan ekonomi Tanah Melayu lumpuh sama sekali. Hal ini berlaku kerana tentera British memusnahkan banyak harta benda dan infrastruktur sebelum menyerah kalah. Perlombongan bijih timah dan perusahaan getah di Tanah Melayu tidak dapat dijalankan. Perdagangan Tanah Melayu dengan dunia luar terputus akibat peperangan. Ekonomi dan taraf kehidupan penduduk turut merosot. Barangan kegunaan dan makanan Bagi mengatasi masalah ini , tentera Jepun bertindak memaksa rakyat menanam tanaman-tanaman makanan seperti ubi kayu , keledek dan keladi.

Seterusnya ialah kesan dari segi Politik juga mengakibatkan Rakyat di Tanah Melayu sengsara.Ini kerana pentadbiran Jepun mengambil tindakan mengawal pergerakkan rakyat dengan ketat. Sekatan dan kawalan yang dikenakan oleh tentera Jepun menyebabkan rakyat hidup dalam kesengsaraan.

Kemasukan Jepun ke Tanah Melayu juga memberi kesan positif. Antaranya ialah sistem pendidikan Jepun diperkenalkan yang menekankan latihan aktiviti daripada akademik untuk menanam sifat kerajinan terutamanya di kalangan orang Melayu. Nilai kerajinan dapat dipupuk di kalangan masyarakat melayu. Selain daripada itu, rakyat di tanah melayu ialah mewujudkan keyakinan untuk memerintah sendiri dikalangan orang Melayu akibat daipada pengalaman dalam kerja-kerja pentadbiran Jepun . Orang-orang Melayu merasa mereka tidak lagi boleh mengharapkan Inggeris. Kepercayaan bahawa Inggeris tidak boleh ditentang telah berubah. Sikap anti penjajah di kalangan orang Melayu semakin berkembang.

Kesimpulannya kemasukan Jepun di Tanah Melayu telah banyak membawa keburukkan dan kebaikan yang tersendiri kepada rakyat negara ini. Malahan kesan-kesannya masih dirasai sehingga kini. Kesengsaraan yang dialami oleh generasi lalu semasa zaman Penjajahan Jepun menjadi pedoman kepada semua rakyat.